பாரத மாதா சங்கத்தின் ரகசிய கூட்டங்கள் துதிபாடல்களுடன் தொடங்கியதும்  நீலகண்ட பிரம்மச்சாரி தனது பேச்சை உணர்ச்சிகரமாக நிகழ்த்துவார். நமது நாடு சுயராஜ்யம் அடையவேண்டுமானால் வெள்ளையர்களை நாட்டைவிட்டே துரத்த வேண்டும். 1857ல் நடந்தது போல மீண்டும் ஒரு கலகம் வரவேண்டும் என்று முழங்குவார். அவரது உரையின் முடிவில் முத்தாய்ப்பாக ‘ஒரு தினம் குறிப்பிட்டு அதனை பாரதமாதா சங்கத்தினர் அனைவருக்கும் தெரிவிக்கப்படும். அன்று எல்லோருமாக நாட்டின் பல பாகங்களிலிருந்து கிளம்பி வெள்ளைக்காரர்களுக்கு எதிராக கலகம் செய்ய வேண்டும். வீடு, வாசல், உறவையும் இழக்கவும் துணிய வேண்டும். உங்களுக்கு வழிகாட்டியாக இருக்கவே நான் எல்லாவற்றையும் துறந்து பிரம்மச்சாரியாகவே இருந்துவிட்டேன். எல்லோரும் ஒற்றுமையாக பாடுபட்டால்தான் நாம் சுயராஜ்யம் அடைய முடியும்’ என்று முடிப்பார்.

இதனை அறிந்த பிரிட்டிஷ் ஆட்சியின் நெல்லை மாவட்ட கலெக்டர், பாரதமாதா சங்கத்தினர் குறித்த தகவல்களை சேகரிக்க ரகசிய போலீசாருக்கு உத்தரவிட்டான். இதையடுத்து நெல்லை மாவட்டத்தில் காவல்துறையின் கெடுபிடி நாளுக்கு நாள் அதிகமானது. பாரதமாதா சங்கத்தினர் எங்கு அகப்பட்டாலும் அவர்களை திருநெல்வேலி தலைமையகத்தில் காவலில் வைக்கும்படி மாவட்ட கலெக்டர் ஆஷ் உத்தரவு போட்டான். இந்நிலையில் பாரதமாதா சங்கத்தினரை வேட்டையாட சென்னையிலிருந்து போலீசாரை வரவழைக்கவும் உத்தரவிட்டான். அதையடுத்து புதுவையிலிருந்த பாரத மாதா சங்கத்தினர் இதுபற்றி விவாதித்தனர். அப்போது வ.வே.சு. அய்யருக்கும், நீலகண்ட பிரம்மச்சாரிக்கும் கருத்துவேறுபாடு அதிகரித்தது. இந்த நிலையில் வாஞ்சிநாதனும் அவரது நண்பர்களும் வ.வே.சு.அய்யரின் வழிமுறையை ஆதரித்தனர். ஆஷ்துரையை சுட்டுக் கொல்வதற்கு முடிவு செய்தனர். அதற்காக வாஞ்சிநாதனுக்கு புதுவையில் பயிற்சியும் கொடுக்கப்பட்டது.
இதையடுத்து ஏற்பட்ட வாக்குவாதம் முற்றி நீலகண்ட பிரம்மச்சாரியின் பெட்டி படுக்கைகள் வாஞ்சிநாதன் குழுவினரால் வீதியில் தூக்கியெறியப்பட்டன. இதையடுத்து வேதனையுடன் நீலகண்டன் சென்னை திரும்பினார். அங்கிருந்து தலையை மொட்டையடித்து சன்னியாசி கோலத்தில் வடஇந்தியாவுக்கு புறப்பட்டுச் சென்றார்.

இதற்கிடையே 1911 ஜுன் 17 அன்று மணியாச்சி ரயில்நிலையத்தில் ஆஷ்துரையை சுட்டுக்கொன்றுவிட்டு வாஞ்சிநாதனும் தற்கொலை செய்துகொண்டார். ஆஷ்கொலையை அடுத்து நெல்லை மாவட்டம் முழுவதும் காவல்துறையின் கெடுபிடி அதிகரித்தது. பாரதமாதா சங்கத்தை சேர்ந்தவர்கள் என்று சந்தேகிக்கப்பட்டவர்கள் அனைவரும் கைது செய்யப்பட்டு சித்ரவதைக்குள்ளாக்கப்பட்டனர். அத்துடன் நீலகண்ட பிரம்மச்சாரியை கைது செய்வதற்கு நாலாபுறமும் போலீசார் அனுப்பி வைக்கப்பட்டனர்.

ஆனால் ஆஷ்கொலை நடந்த போது நீலகண்டன் காசியில் இருந்தார். அங்கிருந்து அவர் கல்கத்தா சென்றார். அங்கேதான் தன்னை காவல்துறையினர் தேடும் விசயம் அவருக்கு தெரியவந்தது. இந்நிலையில் தேசிய தலைவர்கள் சிலர் அவரை காவல்துறையினரிடம் சரணடைய வேண்டுமென்று கூறினர். அதன் அடிப்படையில் கல்கத்தாவில் நீலகண்டன் சரணடைந்தார். பின்னர் அவர் நெல்லைக்கு கொண்டுவரப்பட்டார். ஆஷ்துரை கொலைவழக்கில் காவல்துறை நீலகண்டன் உள்ளிட்ட 14 பேர் மீது கொலை வழக்கு தொடர்ந்தது. இந்த வழக்கு திருநெல்வேலி சதிவழக்கு என்று அழைக்கப்பட்டது. இதில் முதல் குற்றவாளியாக நீலகண்டன் குறிப்பிடப்பட்டார்.இந்த வழக்கு 1911 செப்டம்பர் 11 அன்று திருநெல்வேலி சிறப்பு நீதிமன்றத்தில் விசாரணைக்கு எடுத்துக் கொள்ளப்பட்டது. இந்த வழக்கின் முடிவில்  நான்கு பேர் விடுதலை செய்யப்பட்டனர். அவருக்கு ஏழு ஆண்டு கடுங்காவல் தண்டனையும் மற்றும் 8 பேருக்கு ஓராண்டு முதல் நான்காண்டுவரை கடுங்காவல் தண்டனையும் விதிக்கப்பட்டது. நீலகண்டன் பெல்லாரி சிறைக்கு கொண்டு செல்லப்பட்டார். இந்த வழக்கில் தண்டனைக்குள்ளானவர்கள் அனைவரும் சென்னை உயர்நீதிமன்றத்தில் மேல்முறையீடு செய்தனர். ஆனால் பிரம்மச்சாரி மேல்முறையீடு செய்ய விரும்பவில்லை. அதனால் பெல்லாரி சிறைக்கு கொண்டு செல்லப்பட்ட அவர் 1914ஆம் ஆண்டில் அங்கிருந்து தப்பி ஓடினார். ஆனால் இரண்டு நாட்களிலேயே போலீசார் அவரை மீண்டும் பிடித்துவிட்டனர். அதனால் மேலும் ஆறு மாத காலம் கூடுதல் தண்டனை வழங்கப்பட்டது. அவரது தண்டனைக் காலம் முடிந்து 1919ஆம் ஆண்டு ஆகஸ்ட் மாதத்தில் விடுதலையானார்.

சிறையில் இருந்த காலத்தில் ரஷ்யப்புரட்சி குறித்தும் அதன் லட்சியங்கள் குறித்தும் நிறைய தெரிந்துகொண்டார். சிறையிலிருந்து வெளியே வந்ததும் சென்னையிலிருந்த சிங்காரவேலருடன் நெருங்கிய தொடர்பு கொண்டிருந்தார். அவர்கள் இருவரும் சேர்ந்து கம்யூனிஸ்ட் அறிக்கை அல்லது பிரகடனம் ஒன்றை தயார் செய்யும் பணியில் ஈடுபட்டிருந்தனர் என்று கூறப்படுகிறது.இந்நிலையில் 1922ஆம் ஆண்டு ஆகஸ்ட் மாதம் சிங்காரவேலரின் இல்லம் பிரிட்டிஷ் போலீசாரால் சோதனையிடப்பட்டது. ஆனால் அங்கு அவர்கள் தேடிவந்த பிரசுரங்கள் எதுவும் கிடைக்கவில்லை. ஆனால் இந்திய கம்யூனிஸ்ட் சமஸ்டிக் கழகம் என்ற அமைப்பின் பேரில் ‘சவால்’ என்ற பிரசுரத்தை வெளியிட்டதற்காக நீலகண்ட பிரம்மச்சாரி கைது செய்யப்பட்டார். ஆனால் சிங்காரவேலரின் வீட்டை போலீசார் சோதனையிட்டதற்கு காரணம் அவரது வீட்டின் அருகில் நீலகண்ட பிரம்மச்சாரி தங்கியிருந்ததுதான். அதனால் அந்தப் பிரசுரங்கள் வீட்டில் பதுக்கிவைக்கப்பட்டிருக்கலாம் என்பதுதான்.

1917ஆம் ஆண்டு நடைபெற்ற ரஷ்யப் புரட்சியானது பயங்கரவாதத்தில் அவர் கொண்டிருந்த கவனத்தை மாற்றி தன் பக்கம் திருப்பியது. கம்யூனிசக் கொள்கைகளில் ஈடுபாடு கொண்டு அவற்றை பரப்பவும் தொடங்கினார். இதுவிஷயத்தில் அவர், இந்த நாட்டில் கம்யூனிசத்தை முதன்முதலில் பிரச்சாரம் செய்தவர்களில் ஒருவராக விளங்கினார் என்று ரா.அ.பத்மநாபனை மேற்கோள் காட்டி தொ.மு.சி. ரகுநாதன் குறிப்பிட்டுள்ளார். இவர் தமிழ்நாட்டில் கம்யூனிஸ்ட் இயக்கத்திற்கும் தொழிற்சங்க இயக்கத்திற்கும் முன்னோடிகளில் ஒருவராக விளங்கிய சிங்காரவேலருடன் சென்னையில் தங்கியிருந்து கம்யூனிஸ்ட் திட்டம் ஒன்றை தயாரித்து வெளியிட்டதாக ‘புதிய அலை’ பத்திரிகை ஆசிரியை டாக்டர் எஸ்.விஜயலட்சுமி கட்டுரையொன்றில் கூறியுள்ளார் என்று அக்டோபர் புரட்சியும் தமிழ் இலக்கியமும் என்ற நூலில் தொ.மு.சி.ரகுநாதன் கூறியுள்ளார். அத்துடன் சுதந்திரப் போராட்ட வீரர் ம.பொ.சிவஞானம், நீலகண்ட பிரம்மச்சாரி குறித்து கூறியுள்ள விபரங்கள் மிக முக்கியமானவை: 
“1919ல் சிறை மீண்ட பின் திரு. பிரம்மச்சாரி கம்யூனிஸ்ட்டாக மாறினார். வர்க்கப் புரட்சிக்கான பிரச்சாரத்தில் ஈடுபட்டதற்காக 1922ல் பத்தாண்டு சிறைத் தண்டனை பெற்றார். இந்த முறை அவர் சென்னை மாகாண சிறையில் அடைக்கப்படவில்லை. மாண்ட் கோமரி (இன்று பாகிஸ்தானில் உள்ளது) சிறையிலும், பஞ்சாபில் உள்ள முல்தான் சிறையிலும், பர்மாவில் உள்ள ரங்கூன் சிறையிலும் பத்தாண்டு தண்டனை முழுவதையும் அனுபவித்த பின் விடுதலையானார். அரசியல் புரட்சிக்காரராக சிறைபுகுந்த பிரம்மச்சாரி சிறையிலிருந்து மீண்டபோது ஆன்ம ஞானியாக காட்சியளித்தார். அரசியலுக்கு முழுக்குப் போட்டு கர்நாடகத்தில் உள்ள நந்திமலையில் ஆசிரமம் அமைத்துக் கொண்டு 88 வயது வரை ஞானியாகவே வாழ்ந்து சில ஆண்டுகளுக்கு முன்பு மறைந்தார்”.